1.增进土壤肥力

　　这是微生物肥料的主要作用之一。例如各种自生、联合或共生的固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素含量；多种溶磷、解钾的微生物，如芽孢杆菌、假单胞菌的应用，可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，转变为作物能吸收利用的磷、钾化合物，使作物生长环境中的营养元素供应增加。一些微生物肥料的应用，增加了土壤中的有机质，提高了土壤的肥力。

　　2.改良土壤结构

　　微生物还能分泌产生大量的胞外多糖类物质，如荚膜多糖、肽聚糖等。研究表明，这些有益微生物产生的糖类物质，占土壤有机质的0.1%，它们能与植物根系分泌物、土壤胶体等共同作用,形成土壤团粒结构。此外，它们还参与腐殖质形成，改善土壤理化性质。

　　3.刺激作物生长发育

　　有些微生物肥料中的微生物还可分泌植物激素类物质、维生素等，刺激和调节作物生长发育。例如，固氮菌等能够产生多种活性物质(生长素、环己六醇、泛酸、吡哆醇、硫胺素等)，固氮菌培养物中可检测到吲哚-3-乙酸；荧光假单孢菌的所有菌株均能产生赤霉素和类赤霉素物质，部分菌株还能产生吲哚乙酸，少数菌株能合成生物素和泛酸；丛枝菌根真菌能诱导牧草植株产生细胞分裂素(CTK)，改变脱落酸(ABA)与赤霉素的比例。

　　4.改善作物品质

　　许多微生物肥料能改善作物品质。根瘤菌固定的氮素能输往籽粒，使得豆科作物籽粒蛋白质含量提高。此外，一些蔬菜施用某些微生物肥料之后，能增加其中的维生素含量，降低叶菜类作物中的硝酸盐含量，提高果菜类作物中的糖分含量等。

　　5.增强植物抗病(虫)和抗逆性

　　某些微生物肥料中的微生物能产牛抗乍素类物质．对病原微生物能产生直接的拮抗作用。抑制它们的生长繁殖。细黄放线菌能分泌产生“5406”抗生素，对棉花黄萎病、枯萎病等有一定防治效果。此外，有益微生物在作物根部定殖之后，大量生长、繁殖的结果形成了作物根际的优势菌群，通过对养分资源和生存空间的占用，对致病微生物产生竞争优势，从而抑制这些有害微生物的生长和繁殖，间接地增强了植物的抗病能力。

　　6.减少化肥的使用量、提高肥料利用率

　　使用微生物肥料后可以减少化肥的施用量。由于微生物肥料可以提高土壤的养分含量，因此在相同地力水平的土壤上可以减少化肥的用量，并且获得等效的增产效果。微生物肥料在提高肥料利用率方面有明显作用，根据作物种类、土壤类型和气候条件，微生物肥料与化肥的合理配合，既能增加作物产量，又能提高肥料利用率，这不仅有经济上的意义，而且有生态学和环境保护的意义。除上述作用外．微生物肥料还具有如下作用：施用后不会造成有害物质在作物体内的积累；对农业生态环境无不良影响，有的还具有土壤净化剂功效，降低土壤中过多积累的有机物质。如分解纤维素、木质素等微生物肥料，可对城市生活垃圾、农牧业有机废弃物进行快速发酵。

　　微生物肥料的作用基础是起特定作用的活体微生物。这些微生物通过它们的生长繁殖和生理活动，直接或间接地影响植物的生理代谢或土壤环境条件。为了充分发挥微生物肥料作用，微生物肥料应具备如下特点。

　　1.菌种的高效性

　　菌种的高效性微生物是微生物肥料的核心，这些菌种是针对不同作物和土壤类型，通过人工筛选或生物工程技术选育、改造并经过大量科学试验后，获得的优良菌株。由于核心菌种或菌株生理生化功能的差异，不同微生物肥料功效也不一致。以根瘤菌为例，菌株固氮能力差异很大，有的菌株甚至不具固氮能力。

　　2.活性菌量丰富

　　活性微生物数量是肥效得以充分发挥的基础。任何一种微生物肥料都必须含有足够多、有活性的特定微生物，这些特定微生物的数量和纯度直接关系到微生物肥料的应用效果，是衡量微生物肥料质量的重要标志。当微生物肥料中特定微生物的数量降低到一定程度，或纯度达不到要求时，肥效就会降低甚至失效。由于菌体的存活时间有限，因此微生物肥料的有效期也是衡量微生物肥料的重要因素。

　　3.种类明确，作用清楚

　　微生物肥料起作用的微生物必须经过严格的鉴定，其分类地位明确，对人、畜、植物无害，也不会破坏土壤微生态环境。例如，某些假单胞菌在生长和代谢过程中，可以产生促进植物生长的物质，但也产生某些有害物质，有的甚至是人、动物或植物的病原菌，这类微生物就不能作为微生物肥料。事实上，历史上曾有使用未经严格鉴定的微生物而造成危害的教训。“有效、无害”是生产、施用微生物肥料的原则，许多***对此有明确的立法。

　　4.针对性强，适用范围得当

　　不同的微生物肥料适用于相应的作物和特定的土壤环境条件。在生产实践中，许多使用者对此并不十分注意，在我国曾有错误地将大豆根瘤菌剂应用于小麦、玉米的情况。

　　5.储存和施用技术严格

　　温度、光照、酸碱度和渗透压等环境因素都能影响到微生物的存活。储存微生物肥料应选择避光、低温环境条件。施用微生物肥料应防止长时间暴露在阳光下，以免紫外线杀死肥料中的微生物；微生物肥料不应直接与化肥混合施用，以免因渗透压的改变而抑制或杀死其中的有效菌等。